Los órganos de gobierno de la Cámara de Comercio de Fuerteventura son:
- Pleno. 40 miembros elegidos mediante sufragio libre, igual, directo y secreto, entre todos los electores de la Cámara y otros 6 colaboradores escogidos por designación directa.
- Comité Ejecutivo. Compuesto por el Presidente, los tres Vicepresidentes, Tesorero y 16 vocales.
- Presidente. Elegido por el Pleno.